Проф. Тодор Кантарджиев е роден на 24 декември 1955 г. в София. Завършва Медицинската академия в София през 1981 г. От 1981 до 1982 г. работи в град Белово като лекар, от 1982 г. е научен сътрудник в Катедра военна епидемиология и хигиена на Военно медицинска академия.
От 1988 г. е в НЦЗПБ, последователно е ръководил лабораторен сектор, лаборатория, обединена лаборатория и от 1992 г. - Отдел микробиология. През 1986 г. придобива специалност „Микробиология“, през 2001 г. придобива специалност „Клинична имунология“ и през 2004 г. - специалност „Епидемиология на инфекциозните болести“.
Доктор по медицина е от 1991 г. с дисертация на тема "Имунологични методи за диагностика на системната кандидоза". Доктор на медицинските науки е от 2008 г. на тема „Проучвания върху етиологичната диагностика и етиотропната терапия на микозите в България“. Доцент е от 1995 г., а професор от 2009 г. В 2004 г. придобива магистърска степен по Здравен мениджмънт в Медицински университет София.
Има няколко специализации в чужбина. Участва в експертни и регулаторни органи. Научен ръководител е на 15 защитени докторантури.
Проф. Тодор Кантарджиев беше директор на Центъра за заразни и паразитни болести и член на Националния оперативен щаб за борба срещу коронавируса.
